Les vins blancs sont élaborés à partir des cépages Chardonnay et Savagnin ou Pinot auxerrois.
Les raisins égrappés et foulés sont portés directement au pressoir, où un pressurage bien dosé permet de recueillir le jus en extrayant des peaux toutes les potentialités aromatiques. A la différence de la vinification en rouge, ici c'est le jus seul qui est placé dans des cuves ou des foudres pour y entrer en fermentation.
Après une nuit de stockage, un débourbage débarrasse les jus des résidus terreux, des débris de rafles, des particules et autres substances en suspension; cette opération est effectuée avec modération pour ne pas risquer d'éliminer les ferments contenus dans les bourbes.
La fermentation alcoolique dure plusieurs mois. Elle exige du vigneron une surveillance constante de la température des moûts. En effet sa fermentation conduite à basse température - donc lente - permet d'obtenir des vins plus secs, favorise l'élaboration d'éléments aromatiques qui donne de la rondeur au vin, en corrige l'amertume, fixe les arômes et procure son goût caractéristique de noix, épice, pomme, curry, entre autres ! la fermentation alcoolique est suivie d'une fermentation malolactique qui dure plusieurs mois. Après soutirage, le vin est placé dans des fûts de vieillissement où il pourra rester de 1 à 3 ans.
Le Vin Jaune, dont l'appellation la plus réputée est Château-Chalon, est conditionné dans une bouteille unique, le "clavelin", d'une contenance de 62 cl. Pourquoi 62 cl ?
Le Vin jaune provient d'une vendange tardive, le vieillissement est effectué dans des fûts de chêne. Jusque là, des éléments classiques. Mais ici, aucune ouillage n'est apporté dans le fût (complément de niveau pour compenser l'évaporation, la fameuse "part des anges" de tout vin), et 6 ans et 3 mois plus tard il reste d'un litre … 62 cl : le clavelin était né avec la méthode. Cette durée de vieillissement est un minimum, et ces flacons se conservent couramment 20 ans et plus. On boit le Vin jaune chambré, et non très frais. La poularde au Vin jaune est la recette majeure, toutefois ces vins se marient avec d'autres viandes blanches, les poissons à la crème et le comté.
Que dire des "Vins de paille" ? La vendange s'effectue en début de vendanges, les cépages de prédilection sont le Chardonnay, le Savagnin et le Poulsard. Autrefois séchés sur des lits de paille, ils sont aujourd'hui disposés ou suspendus sur des claies pendant six semaines environ. Après une perte de 80% d'humidité, la vinification est élaborée selon la technique utilisée pour les blancs du Jura.
Les vins rouges sont élaborés à partir des cépages rouges à jus blanc, Trousseau, Poulsard ou Pinot.
Les raisins sont égrappés à la vigne ou à la maison. Les grains séparés de la rafle sont d'abord foulés puis versés dans les cuves de fermentation. Dans les grandes exploitations ou dans les coopératives, les cuves de grande capacité sont généralement en inox ou en fibre de verre. Cependant chez de nombreux vignerons la fermentation s'effectuera dans les foudres en bois, qui assurent un bon cloisonnement thermique.
Afin que la matière colorante se mélange parfaitement au vin, le jus et la pulpe fermentent ensemble de 2 à 3 semaines : une cuvaison de courte durée donnera un vin "rosé" frais et léger, une cuvaison plus longue donnera un vin rouge tannique et de longue conservation. On sépare alors les jus des matières solides par un soutirage suivi d'un pressurage des pulpes. Le vin de presse et le vin soutiré sont alors ré-introduits dans des foudres, où la fermentation alcoolique se poursuivra durant plusieurs semaines. Commence alors la deuxième fermentation dite malolactique. Au printemps suivant la récolte, quand cette deuxième fermentation est terminée, on soutire pour séparer le vin des lies. On le transvase alors dans des fûts où il vieillira de quelques mois à deux ans avant d'être mis en bouteille. L'amateur peut trouver dans le Jura trois sortes de vins rouges :
- Les vins d'assemblage mêlant le Poulsard qui apporte la souplesse et le Trousseau qui donne la couleur et les tannins. Se rajoute parfois du Pinot.
- Les vins de pur Poulsard : vins réputés pour leur fraîcheur et leur finesse.
- Les vins de Trousseau, plus chauds et plus tanniques. La longévité en bouteille peut atteindre 30 ans.
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